Seit die Erde von einer beispiellosen Katastrophe dem Second Impact heimgesucht wurde
attackieren riesenhafte Engel die Erde und haben die Stadt Tokyo-3 ins Visier genommen. Das
Schicksal der Menschheit liegt nun in den Händen der NERV-Organisation. Diese befiehlt den
14-jährigen Shinji Ikari zum NERV-Hauptquartier: Er ist als Pilot für EVA-Einheit 01 eine
biomechanische Kampfmaschine vorgesehen um die Angriffe der Engel abzuwehren. Doch beim
gemeinsamen Kampf mit EVA-Pilotin Rei Ayanami gegen den sechsten Engel wird Shinji schwer
verletzt. Da der sechste Engel ins NERV-Hauptquartier vorzudringen droht plant Einsatzleiterin
Misato Katsuragi die Operation Yashima - dabei soll der gesamte Strom Japans gebündelt werden
um den Engel mittels einer Positronen-Kanone zu vernichten. Wird das Vorhaben gelingen?