In den 1930er-Jahren wird Henri Papillon Charrière (Charlie Hunnam) beschuldigt in Frankreich
einen Mord begangen zu haben. Dafür wird er unschuldig zu lebenslanger Haft in der berüchtigten
Strafkolonie St. Laurent in Französisch-Guayana verurteilt. Auf dem Weg dorthin macht er die
Bekanntschaft des ebenfalls zu einer langen Haftstrafe verurteilten Fälschers Louis Dega (Rami
Malek). Als dieser von anderen Häftlingen attackiert wird und ihm Papillon hilft schließen die
beiden einen Pakt. Papillon beschützt Dega zukünftig vor den Angriffen von Mithäftlingen im
Gegenzug unterstützt Dega ihn bei der geplanten Flucht mit dem Geld das er damals in größeren
Mengen ins Gefängnis schmuggeln konnte. Mehrere Fluchtversuche scheitern und aus dem Pakt
entwickelt sich im Laufe der Jahre eine Freundschaft die wertvoller ist als das eigene
Leben...