»X-Akten« heißen die ungeklärten Fälle des FBI die im Zusammenhang mit dem Paranormalen und
unerklärlichen Phänomenen wie Aliens oder UFOs stehen. Die beiden Agenten Fox Mulder und Dana
Scully versuchen Licht in das Dunkel der Fälle zu bringen. Mulder glaubt dabei an das
Paranormale - seit seine Schwester Samantha im Alter von acht Jahren von Außerirdischen
entführt wurde. Seine Partnerin Agentin Scully dagegen eine Medizinerin versucht rationale
Erklärungen für die mysteriösen Fälle zu finden. Außerdem besteht ihre Aufgabe darin Mulders
Arbeit zu dokumentieren und alles festzuhalten was ihr in irgendeiner Weise verdächtig
vorkommt. Dunkle Gestalten der Regierung angeführt vom »Zigarettenraucher« versuchen ihre
Ermittlungen zu durchkreuzen.