Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik da sie
die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste
Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus
der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible
Prozesse beschränkt ist wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert die
geeignet ist nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels
G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er
molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-beta-(1-40)-Peptids durch und
modelliert diese. Der Autor: Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der
Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational
Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation
und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte
Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.
