Im Jahr 2012 erobern und unterwerfen mysteriöse Invasoren die Mu Tokyo. Die überlebenden
Menschen scheinen einen schier aussichtslosen Kampf gegen die Wesen aus einer anderen Dimension
und ihre Superwaffe die Dolems zu kämpfen. Der Schlüssel zum Sieg liegt jedoch unter den
kuppelförmig überdachten Mauern Toyko Jupiters wo die Zeit langsamer verrinnt als in der
realen Welt und keiner der Einwohner auch nur ahnt dass die Stadt von Feinden kontrolliert
wird. In all diesem Chaos wird der Teenager Ayato von einem geheimnisvollen Mädchen zum
Kampfroboter RahXephon geführt der nur von Ayato bedient werden kann...