1999: Bei Bohrungen auf den Philippinen werden Überreste gigantischer Kreaturen gefunden. Etwas
entkommt. Kurz darauf kommt es in dem japanischen Atomkraftwerk bei dem der Amerikaner Joe
Brody (Bryan Cranston) beschäftigt ist zu einer Katastrophe. 15 Jahre später ist die Großstadt
rund um das Kraftwerk als atomar verseuchtes Sperrgebiet deklariert. Doch Brody glaubt die
offizielle Version des Grundes für das Unglück nicht (es soll ein Erdbeben gewesen sein). Als
sein beim Militär beschäftigter Sohn Ford (Aaron Taylor-Johnson) nach Japan reist um seinen
Vater zur Heimkehr in die USA zu bewegen wird er von diesem zu einem letzten Trip in die
gesperrte Zone überredet. Dort erkennt Joe Brody die gleichen Warnzeichen wie vor 15 Jahren und
bald bricht auch schon das Chaos über die Gegend herein. Ein Monster das kurz darauf auf den
Namen Muto getauft wird und sich von Atomkraft ernährt hinterlässt eine Schneise der
Zerstörung. Während das Monster gen Hawaii zieht sucht das US-Militär verzweifelt nach einem
Weg es zu stoppen. Ichiro Serizawa (Ken Watanabe) der die Urzeitmonster seit Jahrzehnten
erforscht glaubt die einzige Lösung zu kennen: ein sagenumwobenes weiteres Monster und Mutos
natürlicher Feind: Godzilla!