Die Dunkelheit verbreitet sich in Gotham als immer mehr Superschurken eingeführt und die
Allianzen in Gotham City neu geordnet werden. Mit Detektiven Jim Gordon und Harvey Bullock an
vorderster Front des Kampfs gegen das Verbrechen beginnt der moralische Kompass von Gordon in
der 2. Staffel zu schwanken als er sich den gefährlichsten Kriminellen von Gotham
entgegenstellt. Gleichzeitig versucht er weiterhin das Vertrauen des jungen Bruce Wayne zu
gewinnen. Bruce hat die Geheimnisse seines Vaters gelöst und sich auf den Weg begeben der ihn
zu dem Mann machen wird zu dem ihn das Schicksal erkoren hat. In dem legendären Revierkampf am
Ende der 1. Staffel hatte sich der Penguin die Macht in Gothams Unterwelt erkämpft. In der 2.
Staffel verfolgt Gotham die Entwicklung von Edward Nygma The Riddler und Selina Kyle der
künftigen Catwoman. Es werden auch die Ursprünge von Joker und von Mr. Freeze eruiert.